Zorro de las Nueve Colas, criatura de la Mitología china ilustrado en el Shan Hai Jing 1, un texto chino de la época pre-Dinastía Qing. La historia de la serie gira en torno a este animal mitológico y al joven ninja que es su portador.
La historia de Naruto va aumentando en complejidad, adentrándose en situaciones más maduras al avanzar la trama. En la primera parte de Naruo, el argumento se limita a plantear un poco cómo es el mundo en que se desarrolla la acción, y los temas y las situaciones son simples.
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokae de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
El anime sigue el argumento del manga con sólo algunas modificaciones menores, como suavizar las lesiones y restar algo de fuerza a los combates, así como la extensión de algunas partes que en el manga sólo se mencionan. La historia en el anime ha sido dividida hasta el momento en dos partes, la primera llamada simplemente Naruto, iniciada el 3 de octubre de 2002, y la segunda, que inició su emisión el 15 de febrero de 2007, recibiendo el nombre de Naruto: Shippūden (Naruto: Crónicas del Huracán), que relata la segunda parte del manga.
Adicionalmente, cuenta con unas sagas comúnmente denominadas relleo, que relatan aventuras no aparecidas en el manga, y que ocurren en el tiempo que separa ambas partes de la historia. El motivo de esto fue dar tiempo a la historia del manga a avanzar para poder adaptarla adecuadamente al anime, contando con material suficiente.
KAKASHI GAIDEN
La historia involucra a un ninja, Kakashi Hatake de 13 años de edad, que ha de realizar una misión junto a su equipo, formado por Obito Uchiha, y Rin, una ninja médico, así como por su sensei jōnin, el futuro Yondaime. Hasta entonces, sólo habían sido vistos como equipo en recuerdos de Kakashi, después de la saga del examen para chūnin. Esta historia permite además ver algo de como era el cuarto Hokage cuando aún vivía.
La misión se sitúa en medio de la Tercera Gran Guerra Ninja, y consiste en la destrucción de un puente en el País de la Hierba, para perjudicar a sus enemigos del País de la Tierra. La historia se inicia con la reunión de los miembros del grupo para partir de inmediato. Kakashi, que ha ascendido recientemente a jōnin, recibe unos regalos de parte de Rin y de su sensei. Obito, olvida llevarle un regalo y por eso Kakashi le empieza a molestar, tachándole de inútil. En el camino, se percatan de que están siendo observados desde los árboles por ninjas de la Aldea Oculta de las Rocas. Kakashi aprovecha la oportunidad para probar su nueva técnica, el chidori.
Kakasi ataca a su enemigo, pero éste se defiende con un clon, así que no puede determinar dónde se encuentra con exactitud, por lo que su ataque fracasa. Este mismo ninja de la Aldea Oculta de las Rocas utiliza su técnica de mutilación contra Obito, que se encuentra indefenso, pero es rescatado por Yondaime. Kakashi es atacado por el enemigo real, el cuál le clava su katana en el hombro derecho. Consigue escapar de la muerte gracias a la intervención de su sensei. Éste los deja a salvo, y mientras Rin cura la herida, se encarga de liquidar a su enemigo gracias a su gran velocidad.
Yondaime regresa con su equipo y ve que Kakashi ha empezado a llamar cobarde a Obito por no atreverse a participar en la lucha. Después de una crítica constructiva, se ponen en marcha de nuevo. Perturbado por los eventos anteriores y por el agresivo comportamiento de Kakashi, Obito no puede dormir y busca a Yondaime para preguntarle por qué su compañero se comporta así con él. Éste le explica que el legendario padre de Kakashi, Sakumo Hatake (el Colmillo Blanco de Konoha), se suicidó después caer en el deshonor de haber preferido salvar a sus compañeros de misión, antes que finalizar ésta con éxito, y que ese estigma persigue a su hijo, que no quiere verse en la misma situación.
Después de que Rin se sus habilidades para curar a Kakashi, Yondaime les dice que se tienen que separar: él se irá solo, dejando el equipo a cargo de Kakashi. Éste los guía camino de su objetivo. Dos ninjas de la Aldea Oculta de las Rocas los interceptan, secuestran a Rin y luego huyen. Obito decide ir en rescate de su compañera, pero Kakashi sigue un camino distinto, porque cree que completar la misión es prioritario. Entonces Obito le dice a Kakashi que su padre fue un verdadero héroe porque prefirió salvar a sus amigos antes que completar la misión. En ese momento eso no le afecta.
Yondaime salva a los ninjas de Konoha usando su tecnica del Dios del Rayo Volador. En otro lugar del País de la Hierba, las palabras de Obito empiezan a presionar a Kakashi. A la vez, éste ya ha encontrado el lugar donde tienen a Rin, pero los enemigos advierten su llegada y se colocan detrás de él usando una técnica de invisibilidad. Antes de que lo puedan atacar, llega Kakashi impidiendo el golpe fatal, pero recibiendo él una cuchillada en el ojo izquierdo, y perdiendo la visión por completo en él. Obito se asusta y la tensión del momento le ayuda a concentrarse para por fin poder despertar su sharingan. Usándolo, consigue detectar al enemigo y derrotarlo.
Ambos se dirigen a la cueva donde estaba Rin para salvarla. Ellos consiguen vencer a algunos de los enemigos, pero durante la pelea la cueva se empieza a debilitar y uno de los enemigos usa la técnica especial que hace que se desplome por completo. Como hay rocas cayéndoles encima, Obito arroja a Kakashi para salvarlo pero queda atrapado él por una roca, que le aplasta todo su lado derecho. Mortalmente herido y sabiendo que está a punto de morir, Obito le dice a Rin que le quite su ojo izquierdo (con el sharingan activado), y que se lo implante a Kakashi en donde él ha perdido un ojo, como regalo atrasado por haber sido ascendido a jōnin. Obito le dice a Kakashi que es un gran ninja y que quiere convertirse en sus ojos para ayudarlo. Poco después, Kakashi se levanta de los escombros portando el sharingan, que junto al chidori usa para seguir luchando.
Llegan más ninjas, y Kakashi y Rinse ven obligados a dejar atrás a su compañero, que queda sepultado por las rocas. Kakashi usa un kunai especial que le había dado Yondaime, para después desmayarse por falta de chakra. Como esta arma estaba hecha para que avisara a su sensei cuando fuera usada, éste aparece rápidamente y consigue vencer a todos los enemigos restantes, salvando a sus subordinados. Tras recuperarse parten, sin Obito ya, hacia el puente que han de destruir.
A raíz de este suceso, la personalidad de Kakashi cambió notablemente, entendiendo entonces que las palabras de Obito eran ciertas, y decidiendo desde entonces que su objetivo en una misión pasaba por la supervivencia de todos los miembros, como prefería su padre.
Además, a causa de tener implantado el ojo de Obito (que se mantiene siempre con el sharingan activado dado que así estaba al ser extraído), Kakashi ha heredado algunos rasgos peculiares del anterior dueño, como la falta de puntualidad y las extrañas excusas que da en esas situaciones, típicas de Obito.
